楼門は、三間一戸の入母屋造りの二階建で、屋根は一重で萱葺。棟高は7.8m。腰に縁を廻らせています。
その手法は巧妙を極め、複雑な軒廻り、支輪の曲線、組入天井、二重の繁欄、逆蓮の勾欄、膜股の精美さ等、足利末期建築の特徴を具備した最も優美精妙なる建物です。
中世の社寺建築の主流は禅宗様式ですが、古代の和様を基調としている点に特徴があるとされますが、しかし、古代の社寺建築と比べ、木割が小さく、繊細で華麗さを感じさせているのが特徴です。
明治40年（1907）に特別保護建造物として、熊本県で最初に国指定重要文化財の指定を受け、昭和4年（1929）国費を以って修理され、現在に至っています。
加藤清正禁制制札
慶長5年（1600）10月6日に加藤清正が「六殿大明神」に発給した木製の禁制制札が宝物のひとつとして収められています。。自軍の軍勢による乱妨狼藉・放火・竹木伐採・社僧社人に対する理不尽な行動などを禁止する事を六殿神社に対して保証する内容が書かれたものです。
この時期、清正は小西行長の所領である益城・宇土・八代郡へ進軍しており、行く先々の村や寺社に対して同様の禁制を発給していますが、木製の禁制制札はこれが現存唯一の例です。
また加藤清正発給文書としても、これは木製の事例として現存優位何時のものであり（平成24年5月段階）加藤清正の実像と六殿神社の歴史を知る上で極めて貴重な文化財であると言えます。
品質：木製墨書 / 法量：堅36.7㎝（最大）×横51.0㎝ / 年代：慶長5年（1600）10月6日